Con lesiones que supieron alejarlo del banco de suplentes y, sobre todo, del equipo titular; en este 2016, Diego Milito disputó 13 partidos del torneo local. Con 15 disparos al arco de los cuales 13 se vieron contenidos en las redes, mientras que, asistió a otros delanteros en tres oportunidades.
En enero confirmaría lo que sería su última temporada en el club de sus amores, este final anunciado. Por otra parte, el 20 disputa su primer partido en el año por el Torneo de Verano frente a Boca Juniors en donde le marcó un gol en la victoria 4-2 a favor de La Academia. Contra Unión de Santa Fé anotó por duplicado en la victoria por goleada 6-3 a favor de Racing. Volvería, además, a marcar en la victoria 2-1 ante Lanús, luego de un excelente pase de su compañero de ataque Lisandro López.
El 21 de mayo de 2016 se despidió del fútbol en su último partido oficial en la cancha de Racing, ante el Temperley, donde recibió una gran ovación de magnitudes que todo ídolo eterno merece, en especial en el minuto 22' del partido en honor a su inolvidable y característica dorsal. En cuyo partido logró marcar uno de los dos goles del partido, y así alcanzó los 22 goles.
Los 9 años de Racing sin ganar un título en inferiores. Los 35 que pasó sin ser campeón local. Los 45 sin que un jugador de Zaragoza marcara 23 goles en una liga. Los 45 años sin que el Inter fuera campeón de la Champions League. Otros 13 que estuvo la Academia sin festejar desde que se fue. Y 12 sin participar de la Copa Libertadores. Sumados nos dan 159 años de malas rachas destrozadas por Diego Milito, quién no solamente deja al equipo de Avellaneda, sino también a su amor por la pelota.